[Trim Galore] RNA-Seq data trimming (default option)

paired-end default option

trim_galore --paired fastq_1.fastq fastq_2.fastq --gzip -o /output_directory

--paired: paired-end인 경우, 그리고 순서대로 fastq file을 넣어준다

--gzip: fastq파일로 저장하면 크기때문에 압축 (optional)

-o: output 저장경로 지정

Trimming mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.4_dev Cutadapt version: 2.8 Number of cores used for trimming: 1 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' (Illumina TruSeq, Sanger iPCR; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp

default option으로 실행 시 조건

 

trimming 과정은 보통 adapter를 제거하는 과정이다.

여러 trimming program이 있는데 그중 하나인 trim galore를 택했다.

(특별한 이유는 없고, 참고하는 논문이 trim galore를 선택했기때문)

 

다른 옵션들은 시간이 날 때 새 게시물로 정리할 예정