bowtie2, trim_galore 반복문 (trimming & mapping for multiple sequence)

trim_galore

for i in *.fastq
    do 
    base=$(basename $i _1.fastq)
    trim_galore --paired ${base}_1.fastq ${base}_2.fastq -o /output_directory
    done

 

 

bowtie2 (mapping 후 bam file 변환까지)

for i in *1.fastq
    do 
    base=$(basename $i _1.fastq)
    bowtie2 -p 8 -x reference -1 ${base}_1.fastq -2 ${base}_2.fastq | samtools view -b -o ${base}.bam -
    done

https://stackoverflow.com/questions/64638763/applying-restriction-of-files-for-a-loop-for-loop-using-bowtie2

applying restriction of files for a loop (for loop) using bowtie2

위의 bowtie2 코드를 참고해서 작성함

 

그런데. . samtools output directory는 설정할 수 없는건가요?

무조건 current working directory 에 저장되는건지 ㅜㅜ

아무리 구글신께 여쭤봐도 묵묵부답..ㅠㅠ!!

찾으면 추가하겠지만 혹시 아시는 분 있다면 댓글 남겨주시면 감사하겠습니다. .