bowtie23 [Bowtie2] RNA-seq data mapping 하기 reference genome 설정 bowtie2-build reference_genome.fasta reference reference genome의 fasta file을 넣고 변수명을 reference라고 지정 (변수명은 자유로 변경 가능) aligniing reads(paired-end) bowtie2 -x reference -1 fastq_file_1.fq -2 fastq_file_2.fq -S mapping_output.sam -x: reference genome file -1: first fastq file -2: second fastq file -S: output file을 sam file로 지정 paired-end면 보통 다운로드 받을 때 split된 형태로 _1.fq _2.fq 형태로 다.. 2022. 10. 2. bowtie2, trim_galore 반복문 (trimming & mapping for multiple sequence) trim_galore for i in *.fastq do base=$(basename $i _1.fastq) trim_galore --paired ${base}_1.fastq ${base}_2.fastq -o /output_directory done bowtie2 (mapping 후 bam file 변환까지) for i in *1.fastq do base=$(basename $i _1.fastq) bowtie2 -p 8 -x reference -1 ${base}_1.fastq -2 ${base}_2.fastq | samtools view -b -o ${base}.bam - done https://stackoverflow.com/questions/64638763/applying-restriction-of-.. 2022. 9. 27. [Linux] (ERR): Expected bowtie2 to be in same directory with bowtie2-align:/usr/local/bin/ 에러 자꾸 이 에러가 떠서 /usr/local/bin/ 으로 가봤다. bowtie2-align 관련 파일이 없었다. 그러나 제일 상위 디렉토리에 있는 bin 폴더에 bowtie2관련 파일들이 있었다. 이 파일들을 /usr/local/bin/ 으로 복사붙여넣기 하면 해결이 된다. cp bowtie2 bowtie2-align-l bowtie2-align-s bowtie2-build bowtie2-build-l bowtie2-build-s bowtie2-inspect bowtie2-inspect-l bowtie2-inspect-s bowtie2sam.pl /usr/local/bin -p cp 파일이름1 파일이름2 ... 파일이름n 붙여넣을 폴더 -p -p는 옵션으로 원본파일의 속성 그대로 붙여넣는 것이다. 2022. 9. 19. 이전 1 다음
