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리눅스6

[jupyter notebook] 원격 서버(리눅스)에서 실행한 주피터 노트북을 로컬 컴퓨터(윈도우)에서 열기 리눅스 서버에 주피터 노트북을 설치하는 방법은 많은데localhost에서 접속을 거부하거나, 원격 서버의 ip:port번호 를 쓴 경우도 접속이 안되는 에러가 있었다.일단 주피터 노트북의 config file을 사람들이 수정하라는 대로 수정하고https://wingyu-story.tistory.com/116 Ubuntu Linux 우분투 리눅스에서 Jupyter 주피터 노트북 설치 및 접속하기서버에서 Jupyter Notebook을 사용하는 방법에는 몇 가지 주요 단계가 있습니다. 여기서는 일반적인 방법을 안내드리겠습니다. 1. 서버에 접속하기 서버에 SSH(Secure Shell)을 사용하여 원격으로 접속합wingyu-story.tistory.com(이 게시글 참조)config file도 다 수정하고 .. 2024. 9. 9.
[Docker] cuda tensorflow GPU 세팅 https://huhji2newv.tistory.com/6 Docker CUDA Image 가져와서 딥러닝 환경 세팅까지 기존 서버 : Ubuntu 18.04 CUDA 10.2 NVIDIA RTX 2080 Ti 위에 CUDA 10.0 도커를 구동해야 하는 상황이 왔다. 학습용 코드가 tensorflow-gpu==1.13.1, keras==2.2.4를 지원하는데 버전을 맞추기 위해서는 CUDA 10.0버전이 필 huhji2newv.tistory.com 이 분 티스토리 참고해서 내 작업 환경에 맞춰서 작성 환경 Ubuntu 20.04 Cuda 11.5 NVIDIA DGX-1 https://hub.docker.com/r/nvidia/cuda/tags Docker Hub hub.docker.com docker .. 2022. 11. 28.
[Bowtie2] RNA-seq data mapping 하기 reference genome 설정 bowtie2-build reference_genome.fasta reference reference genome의 fasta file을 넣고 변수명을 reference라고 지정 (변수명은 자유로 변경 가능) aligniing reads(paired-end) bowtie2 -x reference -1 fastq_file_1.fq -2 fastq_file_2.fq -S mapping_output.sam -x: reference genome file -1: first fastq file -2: second fastq file -S: output file을 sam file로 지정 paired-end면 보통 다운로드 받을 때 split된 형태로 _1.fq _2.fq 형태로 다.. 2022. 10. 2.
[Linux] (ERR): Expected bowtie2 to be in same directory with bowtie2-align:/usr/local/bin/ 에러 자꾸 이 에러가 떠서 /usr/local/bin/ 으로 가봤다. bowtie2-align 관련 파일이 없었다. 그러나 제일 상위 디렉토리에 있는 bin 폴더에 bowtie2관련 파일들이 있었다. 이 파일들을 /usr/local/bin/ 으로 복사붙여넣기 하면 해결이 된다. cp bowtie2 bowtie2-align-l bowtie2-align-s bowtie2-build bowtie2-build-l bowtie2-build-s bowtie2-inspect bowtie2-inspect-l bowtie2-inspect-s bowtie2sam.pl /usr/local/bin -p cp 파일이름1 파일이름2 ... 파일이름n 붙여넣을 폴더 -p -p는 옵션으로 원본파일의 속성 그대로 붙여넣는 것이다. 2022. 9. 19.