Linux8 [Docker] cuda tensorflow GPU 세팅 https://huhji2newv.tistory.com/6 Docker CUDA Image 가져와서 딥러닝 환경 세팅까지 기존 서버 : Ubuntu 18.04 CUDA 10.2 NVIDIA RTX 2080 Ti 위에 CUDA 10.0 도커를 구동해야 하는 상황이 왔다. 학습용 코드가 tensorflow-gpu==1.13.1, keras==2.2.4를 지원하는데 버전을 맞추기 위해서는 CUDA 10.0버전이 필 huhji2newv.tistory.com 이 분 티스토리 참고해서 내 작업 환경에 맞춰서 작성 환경 Ubuntu 20.04 Cuda 11.5 NVIDIA DGX-1 https://hub.docker.com/r/nvidia/cuda/tags Docker Hub hub.docker.com docker .. 2022. 11. 28. [Bowtie2] RNA-seq data mapping 하기 reference genome 설정 bowtie2-build reference_genome.fasta reference reference genome의 fasta file을 넣고 변수명을 reference라고 지정 (변수명은 자유로 변경 가능) aligniing reads(paired-end) bowtie2 -x reference -1 fastq_file_1.fq -2 fastq_file_2.fq -S mapping_output.sam -x: reference genome file -1: first fastq file -2: second fastq file -S: output file을 sam file로 지정 paired-end면 보통 다운로드 받을 때 split된 형태로 _1.fq _2.fq 형태로 다.. 2022. 10. 2. bowtie2, trim_galore 반복문 (trimming & mapping for multiple sequence) trim_galore for i in *.fastq do base=$(basename $i _1.fastq) trim_galore --paired ${base}_1.fastq ${base}_2.fastq -o /output_directory done bowtie2 (mapping 후 bam file 변환까지) for i in *1.fastq do base=$(basename $i _1.fastq) bowtie2 -p 8 -x reference -1 ${base}_1.fastq -2 ${base}_2.fastq | samtools view -b -o ${base}.bam - done https://stackoverflow.com/questions/64638763/applying-restriction-of-.. 2022. 9. 27. RSeQC 설치 오류: pysam install error (python 3.8) RSeQC package 설치 중 다음과 같은 에러가 나타났다. RSeQC 의 최신 버전은 python 3을 지원하는데 pysam은 python 2.7에서 작동되기 때문 ERROR: Command errored out with exit status 1: command: /usr/bin/python3 -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-1t_sazl2/pysam/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-1t_sazl2/pysam/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read()... 2022. 9. 22. 이전 1 2 다음
