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[GenBank] GenBank에 file 업로드 하기 (table2asn,sbt, sqn) PGAP 으로 annotation 하면 gbk file이 생성돼서 그 파일을 제출하면 되는줄 알았는데 아니었다.제출자의 메타정보 입력내 유전체의 기본 정보 입력공개일자는 설정 날짜 또는 논문 공개 후이기 때문에설정날짜를 길게 잡았다PGAP을 사용해서 annotation 해서 Yes 이다시퀀스 파일이 어떤 형태이고 그 파일을 어떻게 올릴 건지에 대한 옵션파일 용량이 크거나 웹 서버 에러가 나면 FTP를 사용하는게 좋다filezilla 사용해서 올리는게 충분히 가능하므로 그리 어렵지는 않다염색체 하나로 이루어져 있는 complete sequence 이다 그래서 저러한 정보를 다 적고 제출해야하는 파일은 바로 .sqn 파일인데그것을 만드는 방법은 다하고 나면 생각보다 간단하다 sqn file 제작에 필요한 .. 2025. 8. 13.
[Genome assembly] contig 또는 consunsus 만들기 용어 정의Contigde novo assembly로 만들어진 연속된 시퀀스 조각Consensusreference genome + 변이 정보(VCF)를 조합해서 만든 대표 유전체 서열 Contig생성 방식de novo assembly (reference 없이 직접 조립)입력FASTQ툴 예시SPAdes, Velvet, Unicycler글쓴이는 SPAdes를 이용해서 assembly를 진행함. (python 3.10 환경이 안정적이라고 함.)spades.py -1 /home/hkim/share/ex_1.fq.gz -2 /home/hkim/share/ex_2.fq.gz -o /home/hkim/share/spades_output --isolate Consensus생성 방식reference-guided (refe.. 2025. 7. 3.
[PGAP] 여러가지 Error 해결하기 1. Docker not found. 해결하기python3 pgap/scripts/pgap.py --report-usage-false -n --docker /usr/bin/docker -D ~/new_annotationPGAP version 2025-05-06.build7983 is up to date.Docker not found. pgap.py 파일 수정해야함1차로 get_docker_info(self) 함수 수정def get_docker_info(self): docker_type_alternatives = ['docker', 'podman', 'singularity', 'apptainer'] if self.args.docker: if os.path.isfile(self.arg.. 2025. 6. 30.
[jupyter notebook] 원격 서버(리눅스)에서 실행한 주피터 노트북을 로컬 컴퓨터(윈도우)에서 열기 리눅스 서버에 주피터 노트북을 설치하는 방법은 많은데localhost에서 접속을 거부하거나, 원격 서버의 ip:port번호 를 쓴 경우도 접속이 안되는 에러가 있었다.일단 주피터 노트북의 config file을 사람들이 수정하라는 대로 수정하고https://wingyu-story.tistory.com/116 Ubuntu Linux 우분투 리눅스에서 Jupyter 주피터 노트북 설치 및 접속하기서버에서 Jupyter Notebook을 사용하는 방법에는 몇 가지 주요 단계가 있습니다. 여기서는 일반적인 방법을 안내드리겠습니다. 1. 서버에 접속하기 서버에 SSH(Secure Shell)을 사용하여 원격으로 접속합wingyu-story.tistory.com(이 게시글 참조)config file도 다 수정하고 .. 2024. 9. 9.

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