mapping2 [Bowtie2] RNA-seq data mapping 하기 reference genome 설정 bowtie2-build reference_genome.fasta reference reference genome의 fasta file을 넣고 변수명을 reference라고 지정 (변수명은 자유로 변경 가능) aligniing reads(paired-end) bowtie2 -x reference -1 fastq_file_1.fq -2 fastq_file_2.fq -S mapping_output.sam -x: reference genome file -1: first fastq file -2: second fastq file -S: output file을 sam file로 지정 paired-end면 보통 다운로드 받을 때 split된 형태로 _1.fq _2.fq 형태로 다.. 2022. 10. 2. bowtie2, trim_galore 반복문 (trimming & mapping for multiple sequence) trim_galore for i in *.fastq do base=$(basename $i _1.fastq) trim_galore --paired ${base}_1.fastq ${base}_2.fastq -o /output_directory done bowtie2 (mapping 후 bam file 변환까지) for i in *1.fastq do base=$(basename $i _1.fastq) bowtie2 -p 8 -x reference -1 ${base}_1.fastq -2 ${base}_2.fastq | samtools view -b -o ${base}.bam - done https://stackoverflow.com/questions/64638763/applying-restriction-of-.. 2022. 9. 27. 이전 1 다음