생물정보학12 [Genome assembly] contig 또는 consunsus 만들기 용어 정의Contigde novo assembly로 만들어진 연속된 시퀀스 조각Consensusreference genome + 변이 정보(VCF)를 조합해서 만든 대표 유전체 서열 Contig생성 방식de novo assembly (reference 없이 직접 조립)입력FASTQ툴 예시SPAdes, Velvet, Unicycler글쓴이는 SPAdes를 이용해서 assembly를 진행함. (python 3.10 환경이 안정적이라고 함.)spades.py -1 /home/hkim/share/ex_1.fq.gz -2 /home/hkim/share/ex_2.fq.gz -o /home/hkim/share/spades_output --isolate Consensus생성 방식reference-guided (refe.. 2025. 7. 3. [PGAP] 여러가지 Error 해결하기 1. Docker not found. 해결하기python3 pgap/scripts/pgap.py --report-usage-false -n --docker /usr/bin/docker -D ~/new_annotationPGAP version 2025-05-06.build7983 is up to date.Docker not found. pgap.py 파일 수정해야함1차로 get_docker_info(self) 함수 수정def get_docker_info(self): docker_type_alternatives = ['docker', 'podman', 'singularity', 'apptainer'] if self.args.docker: if os.path.isfile(self.arg.. 2025. 6. 30. [QIIME2] 설치하기(Illegal instruction 해결) QIIME is caching your current deployment for improved performance. This may take a few moments and should only happen once per deployment. Illegal instruction (core dumped) 현재 QIIME2는 2023.9 VER 까지 나왔는데 Illegal instruction 에러가 떠서 검색해보니 아마 가상머신의 우분투와 버전 호환이 안되어서 그럴 확률이 높다는 스레드를 보았다. 그래서 나는 2020.11 VER 으로 다운로드를 받았고 이 에러를 고칠 수 있었다. 먼저 설치 환경은 다들 미니콘다를 추천하길래 미니콘다를 설치하였다. https://makepluscode.tistory... 2023. 12. 7. [Linux] TPMCalculator 를 설치하다. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty896 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/11/1960/5150437 academic.oup.com https://github.com/ncbi/TPMCalculator GitHub - ncbi/TPMCalculator: TPMCalculator quantifies mRNA abundance directly from the alignments by parsing BAM files TPMCalculator quantifies mRNA abundance directly from the alignments by parsing BAM files - GitHub - ncbi/TPMCa.. 2022. 10. 12. 이전 1 2 3 다음
