[Bowtie2] RNA-seq data mapping 하기

reference genome 설정

bowtie2-build reference_genome.fasta reference

reference genome의 fasta file을 넣고 변수명을 reference라고 지정

(변수명은 자유로 변경 가능)

 

aligniing reads(paired-end)

bowtie2 -x reference -1 fastq_file_1.fq -2 fastq_file_2.fq -S mapping_output.sam

-x: reference genome file

-1: first fastq file

-2: second fastq file

-S: output file을 sam file로 지정

 

paired-end면 보통 다운로드 받을 때 split된 형태로 _1.fq _2.fq 형태로 다운로드 되는데

그것을 순서대로 넣어주면 된다.

 

다양한 많은 parameter가 있지만 여기선 꼭 설정해줘야하는 기본만 서술하였다.

 

sam to bam

samtools view -bS output.sam > output.bam

align하는 코드와 함께 쓸 수도 있다.

sam file로 놔둬도 되지만 용량이 큰 관계로 binary file인 bam파일로 변환을 많이 한다.

sam은 우리가 읽을 수 있지만 bam은 읽을 수 없다는 큰 차이가 있다.