[featureCounts] transcripts read counting 하기

paired-end, bacterial transcriptome

featureCounts -p -t 'gene' -a referenc_genome.gtf -o output.txt counting_file.bam

-p: paired-end option

-t: gtf file에서 feature type. default 값은 'exon'이다. 'exon'으로 했을 때 counting이 안돼서 'gene'으로 바꿨더니 됐음. 내 추측으로는 bacteria여서 그런 것 같음.

-a: annotation file

-o: output file 형식

bam(sam) file을 넣고 실행하면 txt file로 counting 결과가 나온다.

command에도 summary 형식이 나오는데 따로 summary file로도 저장이 돼서 확인이 가능하다.

 

역시 많은 parameter가 있지만, 꼭 넣어야하는 것만 정리했다.