clustal omega에서 얻은 alignmet file ESPript로 정리하기
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-EBI
Clustal Omega is a new multiple sequence alignment program that uses seeded guide trees and HMM profile-profile techniques to generate alignments between three or more sequences. For the alignment of two sequences please instead use our pairwise sequence a
www.ebi.ac.uk
예로는 ncbi에서 acyl carrier protein 검색해서 4개 무작위로 선정하였다.
submit 버튼 누르면 clustal omega가 실행된다.
clustal omega file을 다운로드 받을 생각이라면
chrome 사용 권장하지 않는다. (익스플로러 사용함)
왜냐하면 파일 다운로드 팝업창이 뜨지 않고 새창에서 바로 그 파일 형식이 열리기 때문이다.
익스플로라는 파일 다운로드 팝업창이 떠서 다운로드가 가능하다.
alignment 결과
color를 설정한 상태이다.
저기서 Download Alignment File을 누르면 다운로드가 가능하다.
CLUSTAL_NUM 파일로 다운로드된 상태
이제 ESPript에 접속
https://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/
ESPript 3
ESPript is a Web server which renders sequence similarities and secondary structure information from aligned sequences for analysis and publication purpose.
espript.ibcp.fr
RUN ESPRIPT를 클릭한다.
aligned sequences는 방금 clustal omega에서 다운로드 파일을 업로드하면 된다.
secondary structure depiction은 PDB에서 원하는 단백질 파일을 다운 받아 업로드하면 된다.
여러 설정을 할 수 있다.
그리고 위의 submit 버튼을 누르면 실행되는데
나는 알수 없는 오류가 많이 떴었다.
지금 다시 해볼때는 바로 실행돼서 정확한 원인을 모르겠지만
그때는 저 all 앞에 내 시퀀스 개수를 적어주었더니 해결이 되었다.
실행결과 모습이다.
png 파일로 열었다. 다양한 파일 형식을 지원한다.
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