[Linux] TPMCalculator 를 설치하다.

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty896

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/11/1960/5150437

https://github.com/ncbi/TPMCalculator

GitHub - ncbi/TPMCalculator: TPMCalculator quantifies mRNA abundance directly from the alignments by parsing BAM files

말 그대로 >설치<만 하다.......

실행결과가 ㅎㅎ 좋지 못해서 이건 내가 작성한 코드의 문제인가 싶은데..(딱히 작성했다고 할 수도 없지만;)

아마 이 패키지 사용은 안할듯하다 ㅎㅎ

선택했던 이유는 featureCounts와 값이 99% 비슷하면서 TPM 값도 만들어준다고 주장했기 때문인데

read count 값도 영.. 다르고.. 방법 설명도 너무 불친절하다^^

NCBI가 이래도되나 싶네^^

 

아무튼 conda도 안먹히고 docker도 안먹혔고.

그놈의 bamtools가 cmake로 괴롭혔는데.

그 홈페이지에 나온 설치법 다 필요없다.

 

그냥 binary file을 직접 받으면 실행할 수 있다 ^^

wget https://github.com/ncbi/TPMCalculator/releases/download/0.0.2/TPMCalculator-0.0.2.x86-linux.tar.gz
tar -zxvf TPMCalculator-0.0.2.x86-linux.tar.gz

root 권한으로 로그인 뒤에 사용해야한다

TPMCalculator설치경로/TPMCalculator 로 실행할 수 있다.

root로 실행하지 않으면 outfile이 나오지 않으므로 주의하길 바란다.