featurecounts1 [featureCounts] transcripts read counting 하기 paired-end, bacterial transcriptome featureCounts -p -t 'gene' -a referenc_genome.gtf -o output.txt counting_file.bam -p: paired-end option -t: gtf file에서 feature type. default 값은 'exon'이다. 'exon'으로 했을 때 counting이 안돼서 'gene'으로 바꿨더니 됐음. 내 추측으로는 bacteria여서 그런 것 같음. -a: annotation file -o: output file 형식 bam(sam) file을 넣고 실행하면 txt file로 counting 결과가 나온다. command에도 summary 형식이 나오는데 따로 summary file로도.. 2022. 10. 2. 이전 1 다음