Bioinformatics12 [QIIME2] 설치하기(Illegal instruction 해결) QIIME is caching your current deployment for improved performance. This may take a few moments and should only happen once per deployment. Illegal instruction (core dumped) 현재 QIIME2는 2023.9 VER 까지 나왔는데 Illegal instruction 에러가 떠서 검색해보니 아마 가상머신의 우분투와 버전 호환이 안되어서 그럴 확률이 높다는 스레드를 보았다. 그래서 나는 2020.11 VER 으로 다운로드를 받았고 이 에러를 고칠 수 있었다. 먼저 설치 환경은 다들 미니콘다를 추천하길래 미니콘다를 설치하였다. https://makepluscode.tistory... 2023. 12. 7. [Linux] TPMCalculator 를 설치하다. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty896 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/11/1960/5150437 academic.oup.com https://github.com/ncbi/TPMCalculator GitHub - ncbi/TPMCalculator: TPMCalculator quantifies mRNA abundance directly from the alignments by parsing BAM files TPMCalculator quantifies mRNA abundance directly from the alignments by parsing BAM files - GitHub - ncbi/TPMCa.. 2022. 10. 12. [featureCounts] transcripts read counting 하기 paired-end, bacterial transcriptome featureCounts -p -t 'gene' -a referenc_genome.gtf -o output.txt counting_file.bam -p: paired-end option -t: gtf file에서 feature type. default 값은 'exon'이다. 'exon'으로 했을 때 counting이 안돼서 'gene'으로 바꿨더니 됐음. 내 추측으로는 bacteria여서 그런 것 같음. -a: annotation file -o: output file 형식 bam(sam) file을 넣고 실행하면 txt file로 counting 결과가 나온다. command에도 summary 형식이 나오는데 따로 summary file로도.. 2022. 10. 2. [Trim Galore] RNA-Seq data trimming (default option) paired-end default option trim_galore --paired fastq_1.fastq fastq_2.fastq --gzip -o /output_directory --paired: paired-end인 경우, 그리고 순서대로 fastq file을 넣어준다 --gzip: fastq파일로 저장하면 크기때문에 압축 (optional) -o: output 저장경로 지정 Trimming mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.4_dev Cutadapt version: 2.8 Number of cores used for trimming: 1 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASC.. 2022. 10. 2. 이전 1 2 3 다음
